Intitulé :

Microbiologie



Introduction
Relations virus-cancer : Thème 1
Relations bactéries-cancer : Thème 2
Infections persistantes d'étiologie virale et mutants viraux : Thème 3
Infections virales posant un problème... : Thème 4
Epidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques : Thème 5
Recherche de nouvelles souches microbiennes… : Thème 6
Mycologie : Thème 7




Les infections virales et bactériennes occupent toujours une place importante en pathologie infectieuse humaine et animale. Même si certaines infections ont été éradiquées et d'autres contrôlées grâce aux programmes de vaccinations et aux thérapeutiques adaptées, il reste que l'on observe la résurgence d'un certain nombre d'entre elles sous un mode plus étendu et plus sévère.
De plus la découverte de nouveaux agents pathogènes (virus de l'hépatite G, HIV, Prion, Hantavirus...) constituent des sujets de préoccupations majeures. Si la réalité de la relation virus-cancer est établie depuis longtemps, celle pouvant exister entre certaines infections bactériennes et cancer reste à établir (chlamydia, Hélicobacter pylori, bactéries anaérobies).
Parmi les problèmes thérapeutiques qui se posent aux cliniciens, ceux concernant l'antibiothérapie représentent une part non négligeable dans les prescriptions, notamment en milieu hospitalier. C'est la circulation de germes multirésistants à l'origine d'infections nosocomiales qui procure le plus d'inquiétude et focalise le plus l'attention des praticiens infectiologues, microbiologistes et épidémiologistes.
Le plus urgent dans des situations d'épidémies à germes multirésistants sera d'en détecter la source et d'établir les mécanismes génétiques de la résistance en utilisant des techniques plus performantes, plus rapides et plus pratiques que celles existant actuellement.
Les molécules antibactériennes classiques montrant de plus en plus leurs limites face à "l'ingéniosité" sans cesse croissante des micro-organismes à échapper à leur action, il existe actuellement des perspectives pour le développement de nouvelles molécules douées d'activité antibactérienne isolées de cellules animales (protégrines). L'avenir de l'antibiothérapie s'oriente vers la recherche de molécules empêchant les bactéries de se fixer sur leurs cibles.


Thème 1. Relations virus-cancer

Des cinq virus impliqués dans le développement du cancer, deux sont retenus : Epstein-Barr Virus (EBV) et cancer du nasopharynx, Papillomavirus (HPV) et cancer du col.

Actions

Recherche fondamentale : Etude des mécanismes de l'expression des gènes latents et précoces et de leur implication éventuelle dans l'initiation et/ou le maintien de la transformation maligne.
Mise au point d 'un diagnostic virologique plus performant ; recherche de marqueurs de pronostic de la maladie et de suivi du traitement.
Création au niveau de l'ensemble des CHU de laboratoires de virologie performants avec mise en place et maîtrise des techniques de biologie moléculaire.


Thème 2. Relations bactéries-cancer

Isolement de H. pylori chez les patients présentant un lymphome digestif ou un adénocarcinome digestif et identification de facteurs d'oncogénécité liés à H. Pylori.



Thème 3. Infections persistantes d'étiologie virale et mutants viraux

Trois virus sont retenus HBV, HCV et HIV
Hépatite B (HBV) : Hépatite chronique HBe- et anticorps HBe (+)
Hépatite C (HVC) : Rôle des génotypes, sous types et de quasi-espèce dans la persistance de la maladie et la résistance au traitement par interféron.
HIV : Etude des génotypes et sérotypes du virus.

Actions

Epidémiologie moléculaire de l'infection provoquée par ces trois virus et utilisation des résultats obtenus pour un suivi de la transmission et une meilleure prévention.
Etude du rôle de la variabilité génétique dans l'apparition et l'évolution de la maladie chronique associée à ces virus.
Co-infection : le HIV et ses co-infections virales et à Chlamydiae sont étudiés pour une meilleure prise en charge en collaboration avec des services cliniques.
Etude de leur recombinaison possible dans une région de circulation de différents mutants . Les données épidémiologiques obtenues dans la région de Tamanrasset permettent de supposer une prévalence de l'infection HIV plus élevée qu'au Nord de l'Algérie. Les données socio-démographiques de la région (mobilité de la population, immigration importante et clandestine, contrôle sanitaire insuffisant) laissent craindre une rapide augmentation de l'incidence de l'infection. Des études virologiques préliminaires montrent une nette différence géographique entre les sérotypes: type B au Nord
type africain C
et autres sérotypes difficilement identifiables à Tamanrasset.
Ces études méritent d'être étendues sur une partie plus large de la population afin de mieux suivre la circulation du virus et dégager les moyens de lutte plus adaptés contre la maladie.Il est indispensable que ces moyens de lutte soient basés sur une meilleure connaissance des facteurs socio-culturels inhérents à chaque groupe de la population.



Thème 4. Infections virales posant un problème de santé publique en Algérie

Ce thème de recherche porte principalement sur les infections virales du PEV et les MST à virus et à chlamydiae.

Actions

Etude des causes d'échec de la vaccination dans le cadre de la campagne de masse et de vaccinations de routine.
Mise en place d'un centre pilote de prélèvements en vue : d'une meilleure connaissance diagnostique, épidémiologique et clinique des différentes MST à virus et à chlamydiae ;
d'une optimalisation et d'une standardisation des tests de diagnostic;
de la formation d'un personnel spécialisé pour un diagnostic performant de ces infections;
d'une meilleure information des patientes et du conjoint pour une prévention active de la contamination et des complications de la maladie.

Thème 5. Epidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques

Actions

Etude des bases moléculaires des résistances des bactéries responsables d'infections nosocomiales ou posant un problème de santé publique (tuberculose) avec mise au point de techniques fiables et simplifiées.
Suivi de l'épidémiologie moléculaire des infections nosocomiales et mise en place d'un observatoire national de l'épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques permettant de recueillir des données fiables et d'évaluer l'état actuel de l'évolution de la résistance des bactéries aux antibiotiques.


Thème 6. Recherche de nouvelles souches microbiennes productrices de nouvelles substances ayant un intérêt médical ou vétérinaire.

Malgré l'étendue de la panoplie actuelle d'antibiotiques, de nombreuses situations ne sont pas encore résolues et stimulent la poursuite de l'effort de recherche de nouvelles substances non toxiques. Ceci à condition de faire appel à des micro-organismes extrêmophiles (Archaeobactéries et Actinomycètes rares anaérobies) qui ont été très peu ou pas exploités jusqu'à présent et qui sont susceptibles de produire de nouvelles substances efficaces et non toxiques.
Les substances ainsi isolées, pourraient être exploitées soit directement, soit alimenter la chimie de synthèse qui permet des améliorations à partir de structure qu'elle ne peut inventer elle-même.

Actions

Isolements sélectifs de souches microbiennes extrêmophiles en privilégiant les genres rares suivants: Natronococcus, halococcus, Spirillospora, Streptosporangium, Arachnes. Des champignons extrêmophiles seront aussi ciblés.
Identification et sélection des souches productrices les plus performantes.
Détermination de milieux de production acceptables à l'échelle du laboratoire.
Mise au point de protocoles d'extraction, de séparation et de purification des métabolites les plus intéressants (non toxiques en effectuant le test de génotoxicité , SOS chromotest).
Détermination de la structure fine des molécules les plus intéressantes.


Thème 7. Mycologie.

Les mycoses viscérales ou généralisées constituent à l'heure actuelle l'une des principales causes de mortalité chez les sujets aux défenses immonologiques diminuées. Le traitement des mycoses reste délicat et on ne dispose pas d'un antifongique efficace et non toxique

Actions

Biologie des levures et fongis
Compréhension des mécanismes d'action des antifongiques
Conception, production et développement d'antifongiques